จับความต่อจากภาคที่แล้ว หลังจากเกิดเหตุระเบิดขึ้นกับยานลำอื่นๆ ผู้มีชีวิตรอดคนเดียวที่ค้นพบก็คือเบน แต่ไม่มีใครล่วงรู้เลยว่าภายในตัวเบนนั้นถูกยึดครองอย่างเต็มที่แล้วจากสมิธ ซึ่งต้องการจะตามแก้แค้นนีโอไปทุกที่ ฝ่ายนีโอนั้นหลังจากทราบความจริงอันน่าตกตะลึงจากสถาปนิกผู้ให้กำเนิดเมทริกซ์แล้วก็ยิ่งสงสัยในทางที่ตนควรจะเดินอีก ขณะเดียวกัน ทางไซออนก็แจ้งมาว่าเครื่องจักรนั้นบุกถึงเมืองแล้ว และชาวเมืองก็ต้องรวมกำลังกันต่อต้านอย่างเต็มที่ มอร์เฟียสและพรรคพวกต้องรีบกลับเมืองให้เร็วที่สุดเพื่อเป็นกำลังสำคัญ แต่นีโอกลับเลือกจะไปยังแหล่งกำเนิดที่แท้จริงนั่นก็คือเมืองของเครื่องจักร แม้จะรู้ว่าอันตรายถึงชีวิตแต่นีโอก็ยังต้องเลือกไป ทรินิตี้ผู้เชื่อมั่นในคนรักของตนอาสาจะไปด้วย ทางด้านไซออนที่กำลังเจอศึกหนักกับเครื่องจักร เหล่าเอพียูส์ที่นำโดยกัปตันมิฟูเน่เริ่มร่วงไปที่ละตัวๆ ในขณะที่เหตุการณ์ในโลกจริงกำลังใกล้จะถึงจุดสิ้นสุด โลกเมทริกซ์ก็กำลังจะล่มสลายด้วยฝีมือของสมิธผู้ยึดครองร่างของทุกคนในเมทริกซ์ไว้และเปลี่ยนให้กลายเป็นตัวเอง นีโอจึงต้องต่อสู้ครั้งสุดท้ายเพื่อให้สงครามจบลงอย่างสมบูรณ์ เพียงแต่ว่าฝ่ายไหนจะเป็นฝ่ายชนะ ระหว่างมนุษย์หรือเครื่องจักร!!!
